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Edman测序的鉴定流程和特点

作者:北京百泰派克生物科技有限公司 2020-09-09T14:41 (访问量:11468)

Edman测序法是一种用于多肽中氨基酸序列测定的化学方法。该方法由Pehr-Edman于1960年开发。该测序法通过化学反应依次切下蛋白N端的每一个氨基酸,再使用高效液相色谱法分别鉴定氨基酸的ID,多次鉴定出的序列信息即为最终的蛋白质序列。

Edman测序流程

l 假设我们的氨基酸序列是MYKMRYY;

l 用异硫*酸盐对氨基末端进行标记;

l 水解样本,将被标记的氨基酸分离出来;

l 使用高效液相色谱法(HPLC)鉴定被标记的氨基酸;

l 然后再次标记剩余多肽链中的N端;

l 重复以上循环,直到最后一个氨基酸。

百泰派克蛋白质N端测序图示流程如下:

Edman测序的优势

l 不需要对照已有蛋白质序列库,就能100%保证确定蛋白质序列;

l 对于发生N端突变或者经改造过的蛋白,仍然可以提供直接的序列测定,且更为准确。

Edman测序的局限性

l 通量较低,无法对多个蛋白质进行同时分析;

l 分析过程相对耗时,每个残基测试大概需要45分钟,且残基测序成本高;

l 由于此测序法需要从蛋白质N端开始,对于N端封闭的蛋白质则无法使用该法进行测序;

l 蛋白质样品量需求较大;

l 一般仅对N端氨基酸序列在50个左右的蛋白样品进行检测时,精准度才高,超过数量,准确率和效率都会降低。

针对Edman测序的局限性的解决方法

l 针对通量低的问题,我们可以结合质谱鉴定和Edman测序二者的优缺点,取长补短,实现高通量的蛋白鉴定和序列测定。

l 针对N端封闭的蛋白质,我们可以根据具体情况,选择相应的酶来去除蛋白N端的修饰,或者使用质谱鉴定法来鉴定N端的修饰。

Edman测序的应用领域

l 可用于蛋白表达产物的验证。验证重组蛋白插入位点和表达顺序是否正确。

l 可用于验证细胞株建立和发酵过程中的蛋白产物。验证细胞株建立和发酵过程中蛋白产物N端甲硫氨酸和信号肽是否正确处理。

l 可用于分析蛋白降解/酶切。对降解/酶切形成的新蛋白片段N端进行分析,确定断裂/酶切位点。

l 可用于De-novo测序。能够对蛋白数据库中不存在的全新蛋白序列进行分析。

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