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从液体活检的专家共识看菁良基因ctDNA标准品

作者:菁良科技(深圳)有限公司 2019-07-26T16:22 (访问量:6841)

菁良基因ctDNA套装标准品即将上市!


近日,菁良基因肺癌ctDNA套装即将上市,为方便更多客户选择,菁良基因通过结合《液体活检在临床肿瘤诊疗应用和医学检验实践中的专家共识》与ctDNA标准品,针对监测流程的优化验证及质量管理,总结出解决方案。


共识要点如下: 


一、液体活检中的肿瘤循环DNA检测介绍


目前,实验室常用的ctDNA 检测技术包括扩增受阻突变体系(amplification refractory mutation system, ARMS)、二代测序(next-generation sequencing,NGS)、数字PCRdigital PCR,dPCR)和核酸质谱检测等。ARMS方法是目前获得中国食品药品监督管理局 (China Food and Drug AdministrationCFDA)批准可用于临床 ctDNA 检测的方法,在临床实践中应用相对普及。


专家组认为检测已知、单个靶向治疗敏感或耐药型突变时,建议使用 ARMS 方法;检测已知、多个平行临床治疗靶点或发现未知基因、探索临床价值与相关机制时建议使用NGS方法;dPCR具有验证NGS检测结果的潜能,但在应用前应当严格评估其检测性能与临床意义。


二、液体活检的应用范围


1. 肿瘤早期辅助诊断

2. 指导临床用药


肿瘤相关基因改变与靶向药物选择


3. 靶向药物伴随诊断


常见适用伴随诊断的药物及其靶点

4. 实时疗效监测

5. 肿瘤进展与不良预后早期预警

6. 耐药机制探索


三、活检技术的优化和验证


1. 基于PCR方法(包括 ARMS dPCR) ctDNA 检测体系的性能验证

  • 特异性
  • 敏感度
  • 测定下限
  • 重复性
  • 准确性
  • 抗干扰能力


2. 基于 NGS 方法 ctDNA 检测体系的性能确认

  • 阳性预期值(Positive Predictive Value PPV)
  • 阳性百分比一致性
  • 重复性
  • 可报告范围/参考范围
  • 最低检出限
  • 抗干扰性能
  • 临床有效性
  • 生信分析流程


四、质量管理


实验室质量管理体系分为质量保证和质量控制,贯穿液体活检的整个实施流程,即从分析前、 分析中到分析后。完善的质量管理和控制用于确保检测系统稳定性和结果可靠性,有效避免误差,为临床肿瘤诊疗提供更为准确的证据。



1.质控品的选择

质控品选择在质量管理中具有关键性作用。应按照定性或定量的实验目的选择合适的阴性、弱阳性、阳性质控品,以期达到理想的质量管理质量。


2.分析前质量管理

关注患者状态。标本采集时的患者状态将影响检测结果,如基础状态、治疗方案、肿瘤转移情况,因此选择适当的采集时间点极为重要。标本采集、运输和预处理需要严格按照液体活检标准操作程序(standard operating procedure,SOP)实施 。


3.分析中质量管理


3.1 室内质控

建议优选商品化的质控品,质控品的选择和构建首先需注意与临床患者标本的模拟度,同时保证组份稳定且均一,数量充足,便于长时间分析:


3.1.1 质控品配制:

建议由经验丰富的专业人员在专门区域进行构建、配制和分装,切勿在临床标本操作区域。自建质控品要求采用高灵敏的检测方法进行评价。


3.1.2 质控要求:

对于定性检测项目,建议运行弱阳性、阴性质控品以及空白对照;对于定量检测项目,建议运行定值、阴性质控品以及空白对照。


3.1.3 质控规则:

无论是商品化或自建质控品,实验室需建立质控的可接受标准。定量检测项目建议使用质控图和设定的质控规则。


3.2 室间质评:

3.2.1 室间质量评价(extemal quality assessment, EQA)

通过参加国内外相关的 EQA 评价实验室检测能力,分析和总结能力比对的结果,关注评价结果的趋势或改变。


3.2.2 其他评价方式:

对于室间质量评价计划的检测项目,建议与外部实验室相同或相近的方法比对。




通过这篇专家共识,我们发现市面上针对液体活检ctDNA检测的大小panel虽然数不胜数,但是要寻找一个来源于临床病人样本细胞系,有明确的拷贝数,明确的等位基因数,满足基因组异质性,肿瘤细胞遗传特性的商业化标准品却很难。


面对市场的强烈需求,菁良基因基于现有的几百多株来源于临床样本的细胞系,排除万难,制作出了可同时满足流程优化和验证,室内质评,室间质评的肺癌ctDNA标准品套装。

ctDNA标准品套装优势

产品形式为ctDNA,片段长度分布在160bp左右。

套装形式,包含三管独立的标准品。

三管独立标准品,各自都有ddPCR验证的8个突变位点。

三管产品中的8个突变位点都相同。

三管产品中的8个突变位点,等位基因突变频率分别是1%0.5%,野生型。

 

ctDNA标准品套装适用场景

可用于基于PCR分析性能验证项目中特异性、敏感度、测定下限、重复性、准确性、抗干扰能力六项的验证。

可用于NGS方法性能验证中阳性预期值(Positive Predictive Value,PPV)、阳性百分比一致性、重复性、可报告范围/参考范围、最低检出限、抗干扰性能、临床有效性、及生信分析流程确认。

在室内质控中,强阳、弱阳及阴性对照产品结合,可以用来定性检测项目。

在室内质控中,定值、阴性标准品以及空白对照结合,可以用来定量检测项目。

在室间质评中,可以用作标准品分发给各实验室,验证各实验室检测灵敏度和精确性。


如果您有意向这款 ctDNA 套装标准品,持续关注我们,敬请期待!



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