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涨姿势了,火山图原来是这样画出来的 | 分析技能

作者:联川生物技术公司 2016-12-01T09:57 (访问量:53492)

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一、什么是火山图?
火山(Volcano Plot)图在一张图中显示了两个重要的指标(Fold change/pvalue),可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验P值的负对数-log10(pvalue)为纵坐标,即可得火山图(Volcano Plot)。

二、做图所需文件
打开summary文件夹中的3_2_transcript_differential_expression,进入样本组合文件夹*VS*,打开Gene_differential_expression。

三、具体操作步骤

将表格中的log2(fold_change)p_value即P列和R列复制到新的excel中,如下:


得到一个新的excel,如下:



1、得到初步火山图

首先,我们要筛选并去除正无穷负无穷的不能在图片上显示的数据,【Ctrl-A】全选数据,再点击【筛选】,出现如下画面:


点击筛选后,A、B列第一行会出现一个倒△,如下:


接下来我们单击A列的倒△,会出现筛选框,我们输入inf后点击确定,如下:



则会得到如下结果:


接下来单击右键选择删除即可将选中的数据删除,此过程可能会消耗较长时间,请耐心等待,如下:


该步骤完成后,我们利用pvalue值来计算-LOG10(pvalue),得到如下结果:

具体操作如下在C列第2行内写入公式=LOG10(B2),敲击enter键,就会得到结果,然后将鼠标置于该单元格的右下角,双击左键,下面的单元格会自动填充,其中B2代表第B列第2行。


接下来我们筛选出p值小于等于0.05的数据,【Ctrl-A】全选数据,再点击【筛选】,选中B列第1行,如下:


单击自定义筛选后,出现如下对话框:


单击确定后,将A-C列复制到E-G列,如下:


去除筛选状态,即再次点击筛选即可。

接下来,选中A和C列,单击【插入】-【散点图】,如下:


此时,初步生成火山图,如下:


2、修图的过程

先看看p值<=0.05的数据有多少行,单击F列,excel右下方会出现计数:1192,该数字就代表F列数据有多少行,如下:


选中图中散点,鼠标右键,出现如下对话框:


左键单击【选择数据】后,出现如下对话框:


点击【添加】后出现如下对话框:





单击【确定】后,出现下图:


3、调整点的大小和颜色

选中点,右键出现如下对话框:


选中【设置数据系列格式】,出现下图右边对话框:


选择【填充与线条】-【标记】-【数据标记选项】-【内置】,即可修改点的大小,选择【填充与线条】-【标记】-【边框】-【颜色】即可修改点的颜色,如下:


4、坐标轴的设置

左键选中x轴后,右键出现如下对话框:


选择【设置坐标轴格式】,出现下图右边对话框,设定坐标轴值就出现下图:


5、设置坐标轴的标题

我们先选中散点,右键,单击【选择数据】,出现下图:



选中【-log10(pvalue)】单击【编辑】后弹出如下对话框,将系列名称一栏改为p>0.05:


单击确定后,选中图片,点击【设计】-【添加图标元素】-【图例】


单击【右侧】出现下图:


最后设置坐标轴标题,单击【设计】-【添加图标元素】-【轴标题】


分别点击【主要横坐标轴】【主要纵坐标轴】就可以设置坐标轴标题了,得到下图:



这样就得到了一幅完美的火山图了

是不是被小编高超的技能绕晕了呢~

是不是都迫不及待的想用起来

赶紧一步两步,跟随小编的步伐操作起来吧~



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